L’Université La Sierra et un laboratoire de virologie ensemble contre la COVID-19

Le 10 février 2021 | Riverside, Californie, États-Unis | Carla Martin Tucker, département de nouvelles de l’Université La Sierra

Les responsables de santé publique font depuis longtemps la promotion du dépistage à grande échelle comme l’un des meilleurs moyens de maîtriser la pandémie de COVID-19 et de sauver des vies. En conformité avec cette orientation, l’Université La Sierra, à Riverside, dans l’État américain de la Californie, soutient ses efforts de détection de la maladie grâce à de nouveaux équipements de tests rapides.

En effet, le 13 janvier dernier, le département des Services de mieux-être aux étudiants de l’université a déployé un point de service de dépistage ACP rapide doté du système d’analyse moléculaire GeneXpert Xpress de Cepheid. Il fonctionnera conjointement avec un procédé de dépistage par la salive mis au point à l’été 2020 par le virologue Arturo Diaz. Il étudie les virus à ARN positif, dont le SRAS-CoV-2 fait partie, ce virus qui cause la maladie de la COVID-19.

Bien que la capacité de dépistage initiale du GeneXpert Xpress soit limitée étant donné le nombre restreint de cartouches de test fournies par le fabricant, l’objectif demeure de remplacer les cliniques temporaires de dépistage du campus par cette machine de 32 000 $ US. Ces cliniques sont offertes toutes les deux semaines depuis septembre 2020 par le Laboratoire PMH Inc., basé à Huntington Beach, en Californie. Le double investissement, dans le dépistage rapide et le procédé basé sur la salive du laboratoire de biologie du Dr Diaz, permet à l’université d’avoir une meilleure idée de la présence réelle du SRAS-CoV-2 sur son campus.

Daisy Pineda, employée du laboratoire d’Arturo Diaz, traite des échantillons de salive pour dépister des cas de COVID-19. Une photo de Natan Vigna du département de nouvelles de l’Université La Sierra.

Après l’achat des équipements, des réactifs et des fournitures de laboratoire, le Dr Diaz a commencé en septembre à offrir des tests de salive deux fois par semaine aux étudiants athlètes et à leurs entraîneurs avant les entraînements. Les étudiants pensionnaires qui sont autorisés à vivre sur le campus en suivant des mesures de santé et de sécurité (ils étaient 79 au début de février) sont également testés pour la COVID-19 par le laboratoire du Dr Diaz les semaines entre les visites du Laboratoire PMH sur le campus. Et le 8 février, l’université a commencé à offrir des tests de salive chaque semaine à tous les employés, les professeurs et les étudiants.

Mais comme les tests de salive ne sont pas encore approuvés par la FDA (pour Food and Drug Administration), ils sont utilisés comme outil de dépistage de concert avec les procédés de tests approuvés du Laboratoire PMH et du nouveau système de dépistage rapide. Actuellement, le système GeneXpert Xpress n’est utilisé que pour tester les personnes qui présentent des symptômes de la COVID-19 qui sont autorisés, en vertu des directives de l’État, à étudier, à vivre ou à travailler sur le campus ainsi que les membres du campus qui n’ont pas d’autres options de dépistage. Il sert également à confirmer les tests positifs issus du procédé de dépistage par la salive du Dr Diaz.

Selon Dan Nyirady, directeur des Services de mieux-être aux étudiants, « Ce nouveau système nous permet d’isoler rapidement les cas et de mettre en quarantaine les personnes qui obtiennent un test positif à la COVID-19. Cette double approche de détection et de maîtrise de la maladie est essentielle à la santé du campus et de la communauté environnante. »

Au 3 février, l’université avait rapporté deux cas de COVID-19 actuellement sur le campus, un membre du personnel et un étudiant. L’un des deux a d’abord été signalé par le dépistage par la salive avant d’être confirmé par le Laboratoire PMH. L’autre a directement été détecté par le PMH. Les étudiants pensionnaires, dont la plupart sont des étudiants internationaux ou venus d’un autre État, des athlètes ou des étudiants à la situation de logement précaire, ont des cours en présentiel. Tous les autres cours, sauf neuf (des laboratoires de science et des cours d’art offerts à un nombre limité d’étudiants dans le respect des mesures de santé et de sécurité décrétées en août dernier), sont donnés en ligne.

C’est en mars dernier que le campus est passé à une éducation à distance. En septembre, quelques laboratoires et cours d’art en personne ont été ajoutés avec l’option d’y assister en ligne. Les événements sportifs publics ont été annulés, les entraînements des équipes sportives n’étant permis que sous de strictes mesures.

Le GeneXpert Xpress de Cepheid est considéré comme la référence en matière de dépistage. Il effectue quatre tests en simultané avec une seule cartouche de test, un pour la COVID en plus de trois autres maladies, la grippe de souches A et B et le virus respiratoire syncytial (RSV), cause fréquente d’infections pulmonaires et des voies respiratoires. Les résultats s’obtiennent en quelque 38 minutes, et tout le processus, à partir du prélèvement nasal, prend environ 45 minutes.

Le Dr Diaz, professeur adjoint de biologie, enseigne la recherche sur les virus aux étudiants de premier cycle dans le cadre des programmes nationaux SEA-PHAGES et SEA-GENES offerts par l’entremise de l’Institut médical Howard Hughes. À la suite d’une phase pilote en septembre, le Dr Diaz a mis sur pied le laboratoire de dépistage de la COVID-19 dans un laboratoire du Price Science Complex (PSC), où il enseigne. Actuellement, ses assistants de laboratoire livrent des trousses de dépistage au département d’athlétisme. Lorsque tous les échantillons de salive sont recueillis auprès des athlètes, ils sont apportés au laboratoire du PSC pour être traités. Un site de collecte central sera mis en place pour la gestion des tests de tout le campus.

D’après le Dr Diaz, les tests de salive sont plus simples, plus faciles et moins coûteux à administrer et à traiter que les tests d’amplification en chaîne par polymérase (ACP). Les échantillons de salive sont analysés avec l’amplification isotherme médiée par boucle de transcriptase inverse (RT-LAMP), qui produit des résultats facilement observables. « Si l’échantillon de salive contient du matériel génétique du SRAS-CoV-2, la réaction reproduit tellement d’ADN que le pH de la solution change. Ainsi, la solution d’un rose vif devient jaune clair, indiquant que le test est positif. Le processus total, de la collecte de salive à l’achèvement de la réaction LAMP, prend de deux heures à deux heures trente. Les tests coûtent six dollars chacun. » L’université couvre les frais de tests, qui sont donc gratuits pour les étudiants et les employés.

Le développement des tests de salive est venu de l’intérêt de l’université à trouver des méthodes moins coûteuses qui fonctionneraient en combinaison avec les tests ACP plus dispendieux, mais approuvés par la FDA afin d’étendre sa surveillance de maladies contagieuses.

« Nous cherchions d’autres solutions pour tester les étudiants et le personnel le plus souvent possible afin d’éviter les éclosions sur le campus, a dit le Dr Diaz. Le fait de recueillir de la salive plutôt qu’un prélèvement nasal rend le processus plus facile et plus sécuritaire. C’est important si nous voulons tester les étudiants, les professeurs et le personnel de manière régulière et continue. »

« Nous sommes très heureux de commencer à utiliser notre nouvelle machine GeneXpert Xpress de Cepheid, qui améliorera grandement la capacité de l’université de détecter non seulement les cas de COVID-19, mais aussi d’autres maladies, a expliqué M. Nyirady. Tous ces investissements sont la preuve de l’attention particulière que porte l’université envers les membres de son campus. »

La version originale de cet article a été publiée sur le site de nouvelles de l’Université La Sierra.

Traduction : Marie-Michèle Robitaille